Siedzibą nowo powstałego muzeum stał się dom Jana Krzeptowskiego przy Krupówkach, mniej więcej tam, gdzie dziś znajduje się siedziba Banku Przemysłowo-Handlowego. Pierwszym kustoszem Muzeum Tatrzańskiego im. dra Tytusa Chałubińskiego był sekretarz Komisji Klimatycznej, nauczyciel Władysław Roszek.

W muzeum znajduje się największa specjalistyczna biblioteka, gromadząca publikacje książkowe i prasowe, dotyczące Tatr i Podtatrza, polskiego i słowackiego, a także archiwum, stanowiące niewyczerpane źródło wiadomości dla setek badaczy tego regionu.

Zgodnie z lansowaną od pewnego czasu koncepcją muzeum rozproszonego, dyrekcja zakopiańskiej placówki sprawuje opiekę nad dziesiątkami zabytkowych obiektów na terenie Podhala, a także i poza nim. Pod firmą Muzeum Tatrzańskiego działa wiele placówek - od maleńkiego Muzeum Powstania 1846 r. w Chochołowie, do Dworu Tetmajerów w Łopusznej, poprzez oddziały w Zakopanem i na Spiszu.

Najczęściej zwiedzanymi oddziałami Muzeum Tatrzańskiego są Muzeum Stylu Zakopiańskiego w willi "Koliba" (ul. Kościeliska 18), Galeria Władysława Hasiora (ul. Jagiellońska 18b) i Muzeum Kornela Makuszyńskiego - "Opolanka" (ul. Tetmajera 15).